스트로마톨라이트는 미생물(남세균, 시아노박테리아)의 표면에 형성되는 생물막이라고 불리는 점액질에 물속 부유물이 달라붙어 생성된 생물기원 퇴적구조이다. 전체 지질학적 시간에 걸쳐 거의 모든 수성 퇴적환경에서 나타나며, 형성환경 차이에 따라 수많은 연속적인 엽층(얇은 퇴적층)을 만들어 다양한 형태로 나타나므로 고환경을 추정할 수 있다. 의성지질공원의 스트로마톨라이트는 중생대 호수에서 만들어진 것으로, 흑색 셰일층에서 산출되며, 외형은 돔형-층상형이고, 그 내부에는 층형에서 기둥형의 미세구조가 나타난다. 호수 물의 부피나 염도, 호수 표면의 생산력의 변화 등 기후변화로 인한 고환경 변화를 자세히 파악할 수 있는 희귀한 지질자료이다. 의성 스트로마톨라이트는 세 층준으로 나누어 연구되었는데, 세 층준의 스트로마톨라이트가 성장하였던 고호수 염도의 차이를 통해 당시 고기후의 변동을 추정할 수 있다.